医疗机构发现甲类传染病时，对疑似患者在明确诊断前，应在指定场所进行（）。

《传染病防治法》第四章疫情控制第三十九条规定：医疗机构发现甲类传染病时：①对患者、病原携带者，予以隔离治疗，隔离期限根据医学检查结果确定；②对疑似患者，确诊前在指定场所单独隔离治疗；③对医疗机构内的患者、病原携带者、疑似患者的密切接触者，在指定场所进行医学观察和采取其他必要的预防措施。故选E。