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建设部门在流动人口管理工作中的主要职责有：负责对成建制施工队伍和工地的管理以及流动人口聚集地的规划管理，协助有关部门落实流动人口管理的各项措施；负责小城镇的开发建设，促进农村剩余劳动力的就地就近转移；负责对房屋出租的管理和市容、环境卫生监察。