软件工程面临的两个最大问题是：软件效率和软件质量。

正确。软件工程面临的两个最大的问题包括两个方面，一是软件的生产率问题，，要进一步的降低成本，提高软件的生产率，根本的解决办法在于变革生产体制，灵活机动地使用精干的生产队伍。第二个方面的问题是软件在系统可用性中所占的重要地位，如何确保软件产品的质量，降低由此而引起的损失。