正确答案
C公司可以以B县人民政府为被申请人向D市人民政府申请行政复议。因为B县拆迁办是非常设性的临时机构，其行为后果由B县人民政府承担，因此应以B县人民政府而不是B县拆迁办为被申请人，B县人民政府的上一级为D市人民政府，因此应向D市人民政府申请行政复议。
C公司还可以以B县工商局为被申请人向D市工商局或者B县人民政府申请行政复议，因为B县工商局为省以下垂直管理的行政部门，对B县工商局不予通过年检的具体行政行为不服的，可以选择向B县工商局的上级主管部门（上一级工商局）或B县工商局的本级人民政府申请复议。