简答题

简述BLAST搜索的算法思想。

正确答案

BLAST是一种局部最优比对搜索算法,将所查询的序列打断成许多小序列片段,然后小序列逐步与数据库中的序列进行比对,这些小片段被叫做字”word”;当一定长度的的字(W)与检索序列的比对达到一个指定的最低分(T)后,初始比对就结束了;一个序列的匹配度由各部分匹配分数的总和决定,获得高分的序列叫做高分匹配片段(HSP),程序将最好的HSP双向扩展进行比对,直到序列结束或者不再具有生物学显著性,最后所得到的序列是那些在整体上具有最高分的序列,即,最高分匹配片段(MSP),这样,BLAST既保持了整体的运算速度,也维持了比对的精度。

答案解析