从“Mix and match”的观点来讨论真核生物RNA聚合酶II启动子元件与功能的关系。

RNA聚合酶II启动子典型结构从构成来看可以分为核心启动子和上游启动子元件。核心启动子又包括5个较小的元件：Inr、TATA框、BRE、UPE和DPE。
1、Inr是具有基因最适表达所需要的保守序列。
2、TATA框不仅与基因转录的调节有关系，也具有定位转录起始点的功能。结合转录因子TFⅡD。TFⅡD结合上来以后形成的复合物可保护－45～－10的区域
3、BRE TFIIB转录因子识别元件，促进TFIIB与DNA结合。
4、UPE 能表现出细胞类型的特异性，能提高转录效率和特异性，
5、DPE 可以补偿因TATA框缺失造成的转录抑制，能与通用转录因子TFIID结合。DPE与Inr的间距对最佳转录至关重要。
还有MTE，可以弥补由基础转录发生后TATA框或者DPE突变的损伤，协同DPE和TATA框的作用；CPE1，与CPG islangd发生作用，决定转录的方向。
另外在哺乳动物启动子还有GC框、CAAT框和以不同拷贝数、不同位置、不同方向存在于类型II启动子八聚体序列。它们的存在主要是增加转录效率。
从保守序列分可以分为三类主要有三个保守序列：
（1）帽子位点，又称转录起始位点，其碱基大多数为A，这与原核生物相似。
（2）TATA框， 位于－30处，有些TATA框的突变不影响转录的起始，但可以改变转录起始位点。说明TATA框具有定位转录起始点的功能。
（3）CAAT框， 位于－75处， CAAT框内的突变对转录起始的影响很大，决定了启动子起始转录的效率及频率。
在不同的启动子中，这些元件的组合情况是不同的。各种元件将相应的蛋白因子结合到启动子上，而这些蛋白因子共同组合成起始复合物。

略