清洁级大鼠需要控制的病毒指标是汉坦病毒、仙台病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒Ⅲ型、大鼠细小病毒RV株、大鼠细小病毒H-1株及大鼠冠状病毒/大鼠涎泪腺炎病毒。