正确答案
（1）筹资效率的低水平。筹资机制和报销机制的科学设定与运用，既是保障新农合有效运行的核心问题，又是农村居民最为关注的且与其自身利益最密切的问题。新农合在个人缴费的基础上通过各级政府的补贴来筹集资金。在筹资顺序上，各地政府多采取“你交我就补，你不交我就不补”的自愿原则。各级基层组织在每年年底统计下一年度的参合人数并收取个人应缴纳的参合费，然后将参合人数报送上级主管部门。中央政府和地方政府根据基层组织报送的参合人数“按人头”来拨付新农合专项补助资金。
另外，政府补助水平的高低又直接影响到农民参合的积极性和制度的健康运行。政府的专项转移支付资金是集中在一起的很快就能到位，而农民自己支付的那部分费用是要通过基层工作人员挨家挨户的收取来筹集。即使出现部分地区村干部替村民垫交的情况，也避免不了日后挨家挨户的收取。所以，在个人缴费方面会出现效率偏低的情况且在一定程度上产生了不必要的筹资费用，导致了筹资效率的低下。
（2）宣传效率的较低水平。2011年，新农合制度取得新的进展。一是覆盖人群保持稳定，筹资水平显著提高。2011年，全国参加新农合人数为8.32亿，参合率超过97%，继续稳定在高位；全年受益13.15亿人次。各级财政对新农合的补助标准从每人每年120元提高到200元。新型农村合作医疗的参加对象是农民，农民对合作医疗的认识和接受程度至关重要。虽然近几年各地新农合的参合率显著上升，成为各级政府相关部门负责领导宣传新农合最有力的数据支持，但逐渐升高的参合率是真正来源于农民对于新农合惠农的认知而带来的参合的积极性还是出于随波逐流的被动接受？参合农民对当年新农合政策的变化是否了解？对定点医疗机构的具体报销比例、报销范围是否明确？这些都是各地基层组织在宣传新农合的工作中需要加强的地方。二是定点医疗机构在农民接受医疗服务时，对新农合可报销的具体标准及包括的药品服务范围的相关宣传不到位。各地普遍存在农民结账报销时发现部分药品不在新农合报销范围之内和不了解具体的起付线、封顶线、报销比例及转诊的具体流程等情况。
（3）农村初级医疗服务的低水平。为了解决农民看病难的问题，新农合的一大特色就是要充分发挥村卫生所、乡镇卫生院、县级医院等农村初级卫生网络的作用。为了鼓励农民群众就近就地就医，新型农村合作医疗制定了不同等级医疗机构不同的报销比例。这样的制度安排考虑到了农民看病难的问题，但目前我国初级卫生网络的建设水平还很低，卫生资源的布局和结构不合理。就农村与城市卫生资源的配置来说，城市占据了大量的卫生资源，而农村地区占有的医疗资源太少。
一方面，我国农村基层卫生网络的硬件设施需不断加强，包括基层卫生所卫生院的医疗设备陈旧或不足。另一方面，我国农村基层卫生网络的软件需继续加强，主要表现在具有相应资质医疗服务人员的严重匮乏。据统计，2009年我国每千人口卫生技术人员数为4.15人，其中市一级的每千人口卫生技术人员数为6.03，县一级的为2.46，该数据虽然已经超过世界平均水平，但与发达国家和许多发展中国家还有很大差距。我国卫生人员队伍尤其是农村基层卫生技术人员队伍的建设与我国经济、社会和卫生事业的发展要求还有很大的差距。
一方面，我国医疗人力资源在数量上已初具规模，但整体素质有待加强，呈现金字塔形状。目前的医疗人力资源中非专业学历人员占很大一部分比例，具有专业学历人员中硕士、博士比例较少。
另一方面，我国的医疗人力资源在分布上呈现东多西少、沿海多内陆少、大城市多小城市少、城市多农村少、大医院多小医院少的“五多五少”的不合理局面。这种不合理现象在农村尤为突出，许多农村卫生所、卫生院有楼房有设备但就是缺少相应资质的卫生技术人员。农民群众生了病，不管大病小病常常往大医院跑，除了奔着大医院的医疗环境、医疗资源外，大医院较高素质的医护人员是主要的原因。这也是许多乡镇卫生院、社区卫生中心门可罗雀的尴尬所在。