rpoN基因编码σ因子σ54，它具有不同于已知原核生物的σ因子的特征。请与E.coli的σ因子σ70（RpoD）做比较讨论这些特征。

细菌σ因子[σ70（RpoD）]作为全酶的一部分与DNA结合，而由rpoN基因编码的σ因子σ54本身具有与DNA结合的功能，使其能不依赖于核心酶与DNA结合。RpoN蛋白的功能像真核生物中的转录因子，通过蛋白质与蛋白质的作用将核心酶导向启动子。

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